Pusat Kesehatan TNI semula bermula bernama Pusat Kesehatan ABRI. Dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Menteri Pertahanan Keamanan/Panglima ABRI Nomor : Kep/A/496/1968, tanggal 11 September 1968, pada awalnya Puskes ABRI adalah kepanjangan dari Pusat Pemeliharaan Kesehatan ABRI.
Puskes ABRI dibentuk ketika pemerintah dan Rakyat Indonesia sedang giat-giatnya mengadakan konsolidasi, membenahi segala aspek kehidupan bangsa, baik dalam segi sosial, politik, ekonomi, keamanan dan sebagainya. Untuk itu diperlukan landasan kesatuan dan persatuan agar semua sektor dapat bekerja secara terintegrasi mencapai sasaran dan tujuan yang telah ditentukan. Lahirnya Puskes TNI sekaligus merupakan wujud integrasi dilingkungan ABRI yang sebelumnya telah ditandai dengan penghapusan Menteri Intern Angkatan Darat/Kepolisian dan berubah menjadi Menhankam/Pangab.
Puskes ABRI mengemban tugas pokok membantu Menteri Pertahanan Keamanan/Panglima ABRI dalam merumuskan kebijakan umum dan pokok dibidang pembinaan Kesehatan ABRI dengan segala unsurnya, serta pengendalian pelaksanaan kebijakan tersebut.